In einer „zweiten Reformation“, wurde die Konfession der Grafschaft Hanau-Münzenberg erneut gewechselt: Graf Philipp Ludwig II. verfolgte ab 1597 eine reformierte Kirchenpolitik. Er machte von seinem Recht als Landesherr Gebrauch, die Konfession seiner Untertanen zu bestimmen, und setzte dies für die Grafschaft weitgehend als verbindlich durch.
Bis zu diesem Zeitpunkt war die Oberrodenbacher Gemeinde noch eine Filiale der Niederrodenbacher Pfarrei und somit auch lutherisch. Für kurze Zeit wurde die Gemeinde Oberrodenbach dann zum römisch-katholischen Somborn umgepfarrt, wenig später aber in die ebenfalls römisch-katholische Großkrotzenburger Pfarrei. Damit trennte die beiden Dörfer eine Konfessionsgrenze. Die Kirchengemeinde in Niederrodenbach gehörte nun zur „Klasse“ (Dekanat) Büchertal. Oberste Kirchenbehörde war das Konsistorium in Hanau.